הגנים פועלים בסדר יום קבוע ויחד עם זאת גמיש, המותאם לגילאים הצעירים של ילדי הגנים. סדר היום כולל בתוכו זמנים קבועים של מפגשים, חוגים, זמן חצר בכל עונות השנה, זמני מנוחה וזמני ארוחות, לצד פעילות משתנה ומגוונת בתוך הגן, בחצר ובחדר הג'ימבורי . התכנית החינוכית מתוכננת על ידי הגננות והצוות החינוכי בשיתוף ובליווי הצוות הפדגוגי, הן ברמה היומית והן לאורך השנה, בהתאם להתפתחות הילדים, ללוח השנה העברי, לשינויים בטבע, ובהתאם לנושאים שונים הרלוונטים לילדים ונלמדים מתוך עניין וסקרנות של הילדים וצוות הגן.

בגני עגנון ילדי כל הכיתות נחים בשעת הצהריים. אנו מאמינים כי בזמן מנוחה הילדים מעבדים ומטמיעים את מכלול החוויות שחוו במהלך היום. בזמן מנוחת הצהריים הצוותים בכל כיתה מסכמים את הפעילות ברפלקציה על הפעילויות בגן ועל כל ילד וילד וכן בתכנון ליום המחר..אנו יוצאים מתוך הנחה כי לא ניתן לקבל את יום המחר מבלי להבין את היום שעבר.

חלק מהלמידה בגן נעשית בעזרת "שפות שונות" כמו מוסיקה, שפת גוף, אמנות, טבע וסביבה. לשם כך אנו חושפים את הילדים לשיעורי מוסיקה, שיעורי יוגה ופעילויות העשרה של טבע וסביבה. השיעורים מותאמים לגילאי הילדים ולצרכיהם ומועברים על ידי מנחים מומחים, בשיתוף עם הצוות החינוכי של הגן.